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實(shí)驗(yàn)服務(wù) 高通量測(cè)序

簡(jiǎn)要描述:

服務(wù)說(shuō)明:
1、提供實(shí)驗(yàn)材料,其必須保證新鮮,請(qǐng)您采樣后立即放入液氮中速凍或加入樣品穩(wěn)定劑。
2、如果提供DNA,我們要對(duì)其進(jìn)行評(píng)估?;蚪MDNA無(wú)明顯降解,濃度≥500 ng/ul,總量
   大于30μg。
3、如果樣品可以用Trigol法提總RNA ,也可以將樣品研

更新時(shí)間:2024-06-12

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高通量測(cè)序

 

服務(wù)編號(hào)服務(wù)項(xiàng)目收費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)(元)實(shí)驗(yàn)周期
FZ32基因組de novo測(cè)序面議面議
FZ33基因組重測(cè)序面議面議
FZ34宏基因組測(cè)序面議面議
FZ35小RNA測(cè)序面議面議
FZ36真核生物轉(zhuǎn)錄組測(cè)序面議面議
FZ37簡(jiǎn)化基因組測(cè)序面議面議
FZ38細(xì)菌16S測(cè)序

產(chǎn)品介紹:
服務(wù)內(nèi)容:
基因組de novo測(cè)序
1  基因組DNA提取
2  構(gòu)建不同長(zhǎng)度的基因組文庫(kù)
3  上機(jī)測(cè)序
4  數(shù)據(jù)處理:去除接頭序列、污染序列等
5  基因組拼裝統(tǒng)計(jì):原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)、測(cè)序深度分析、覆蓋度統(tǒng)計(jì)、GC含量分析等;
6  基因組注釋?zhuān)夯蝾A(yù)測(cè)、基因功能注釋、重復(fù)序列分析、nocoding RNA注釋等;
7  基因功能分析 GO分析,KEGG通路分析等;
8  比較基因組學(xué)及進(jìn)化分析:物種系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)構(gòu)建、基因家族鑒定、基因共線性分析等。
 
基因組重測(cè)序
1  基因組DNA提取
2  構(gòu)建基因組測(cè)序文庫(kù)
3  上機(jī)測(cè)序
4  數(shù)據(jù)處理:去除接頭序列、污染序列等
5  序列比對(duì)
6  SNP、 InDel、CNV、SV檢測(cè)等
 
宏基因組測(cè)序
1  基因組DNA提取
2  構(gòu)建基因組測(cè)序文庫(kù)
3  上機(jī)測(cè)序
4  數(shù)據(jù)處理:去除接頭序列、污染序列等
5  宏基因組組裝:原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)、測(cè)序深度分析、覆蓋度統(tǒng)計(jì)、GC含量分析等;
6  樣品復(fù)雜度分析:將測(cè)序所得Reads與業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)統(tǒng)計(jì);
7  物種分類(lèi):基因預(yù)測(cè)、相對(duì)豐度計(jì)算等;
 
真核生物轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
1  RNA提取
2  構(gòu)建測(cè)序文庫(kù)
3  上機(jī)測(cè)序
4   數(shù)據(jù)分析:
     無(wú)參考基因組的轉(zhuǎn)組分析
Ø 基本數(shù)據(jù)處理(圖像識(shí)別,堿基識(shí)別,測(cè)序街頭序列過(guò)濾,樣品污染可能性檢測(cè))
Ø 測(cè)序數(shù)據(jù)產(chǎn)量統(tǒng)計(jì),數(shù)據(jù)成分和質(zhì)量評(píng)估;
Ø Contig及Scaffold長(zhǎng)度分布;
Ø Unigene的長(zhǎng)度分布,GO分類(lèi),功能注釋?zhuān)x通路分析,表達(dá)差異分析。
有參考基因組的轉(zhuǎn)錄組分析
Ø 基本數(shù)據(jù)處理(圖像識(shí)別,堿基識(shí)別,測(cè)序街頭序列過(guò)濾,樣品污染可能性檢測(cè));
Ø 與參考基因組比對(duì)后的注釋信息;
Ø 基因在基因組上的分布;
Ø 測(cè)序深度分布,測(cè)序隨機(jī)性評(píng)估,基因差異表達(dá)分析;
 
Small RNA測(cè)序
1  RNA提取
2  連接接頭及純化Samll RNA
3  上機(jī)測(cè)序
4  數(shù)據(jù)處理:去除接頭序列、污染序列等
5  樣品間的公共序列和特異序列的分析
6  Small RNA 與rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA的比對(duì)信息
7  Small RNA 與重復(fù)序列的比對(duì)信息(需提供選定參考基因組對(duì)應(yīng)的重復(fù)序列注釋信息);
8  Small RNA 與 miRBase 中范圍的已知的 miRNA 的比對(duì);
9  按照優(yōu)先將 small RNA 進(jìn)行分類(lèi)注釋?zhuān)?nbsp;
10 利用Mireap 對(duì)沒(méi)有注釋的small RNA 進(jìn)行預(yù)測(cè),預(yù)測(cè)新的 miRNA ;
11樣品間miRNA 差異分析(2個(gè)或2個(gè)以上樣品)和聚類(lèi)分析(3個(gè)或3個(gè)以上樣品) ;
12  MiRNA 靶基因預(yù)測(cè)(需要提供基因編碼序列);
 
簡(jiǎn)化基因組測(cè)序
1  基因組DNA提取 酶切 接接頭
2  上機(jī)測(cè)序
3  數(shù)據(jù)分析
 
未知參考基因組的信息分析流程
Ø 原始數(shù)據(jù)整理、過(guò)濾及質(zhì)量評(píng)估;
Ø 標(biāo)記位點(diǎn)分析(標(biāo)記位點(diǎn)鑒定,SNPs位點(diǎn)與InDel位點(diǎn)鑒定);
Ø 全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS);
Ø 連鎖分析和QTL定位;
Ø 種群進(jìn)化分析。
已知參考基因組的信息分析流程      
Ø 原始數(shù)據(jù)整理、過(guò)濾及質(zhì)量評(píng)估;
Ø 標(biāo)記位點(diǎn)分析(標(biāo)記位點(diǎn)鑒定,SNPs位點(diǎn)與InDel位點(diǎn)鑒定);
Ø SNP單體型圖譜分析;
Ø 全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS);
Ø 連鎖分析和QTL定位;
Ø 種群進(jìn)化分析。
 
細(xì)菌16S rDNA測(cè)序
 
1  基因組DNA提取 PCR擴(kuò)增
2  上機(jī)測(cè)序
3  原始數(shù)據(jù)整理、過(guò)濾及質(zhì)量評(píng)估;
4  OTU列表生成及注釋?zhuān)?/span>
5  豐度分析(Alpha多樣性分析、物種豐度差異分析、聚類(lèi)分析);
6  群落結(jié)構(gòu)分析(單樣品物種分布、 多樣品物種分布、含進(jìn)化關(guān)系的
物種分布、Beta多樣性分析)。
服務(wù)說(shuō)明:
1、提供實(shí)驗(yàn)材料,其必須保證新鮮,請(qǐng)您采樣后立即放入液氮中速凍或加入樣品穩(wěn)定劑。
2、如果提供DNA,我們要對(duì)其進(jìn)行評(píng)估?;蚪MDNA無(wú)明顯降解,濃度≥500 ng/ul,總量
   大于30μg。
3、如果樣品可以用Trigol法提總RNA ,也可以將樣品研磨后放在 Trigol中。
4、如果提供RNA,我們需要我們?cè)u(píng)估請(qǐng)?zhí)峁舛?ge;500 ng/ul,總量≥20 ug 的total RNA樣品
   樣品請(qǐng)去蛋白并進(jìn)DNase處理。
 

 

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